1、主要产业集群的产业链完整，但产业链配套不理想。一是产业集群上、中、下游的联系不紧密。以汽车为例，虽然我省汽车产业集群的上、中、下游产业都有，也有一定的分工，但缺少联系与协作机制，分工程度有限，没有形成完全意义上的专业分工与协作的关系。其结果是大企业根据用户要求提供成套“解决方案”的系统集成能力不强。中、小企业专业化生产优势不明显，难以形成“以大带小，以小保大”的格局。二是产业链结构不均衡和价值链的构成缺乏竞争力。以光电子信息产业为例，我省光电子信息产业集群的价值链前端的IC芯片和许多光模块需要进口，价值链后端网络运营由国家运营商垄断。从而形成前后端结构失衡。三是专业化分工协作的本地根植性差。即使是像我省汽车和光通信的龙头企业，虽然形成了完整的自我配套加工体系，但是大部分的中间品和零部件从国外进口和外地采购，在本地配套的比例很低。

2、集群内企业间协作和关联度较低，产业集群多而不强，专业化聚集度低。产业集群的规模经济效应，很大程度上是依赖于企业间的分工协作实现的。集群化不是大量企业简单的聚集，更重要的是在这些企业之间形成密切合作的关系。目前我省集群内部组织化程度不高，核心企业不强，内聚力薄弱，相互联系、相互依存的专业化分工协作的企业网络尚未形成。企业群成长仍以横向联系为主，通过专业化市场联系的多，以产业链条为纽带的少，集群内企业间的分工与合作还处于较低层次。大量“小而全”的企业在同一个集群中阻碍了产业链的延伸并危及集群自我发展和竞争力的提升，集群内的企业之间在业务上的关联度低，在促进大企业与中小企业互动良性发展上（卫星工厂制度）推进乏力。

3、政府行为的主导性作用过大，产业集群内企业的根植性较差，市场化程度低。我省产业集群发展中政府主导的作用较大，集群建设和很多“筑巢引凤”式的开发区有些类似，通过优惠政策吸引企业进区从而形成同类企业的集聚，有的企业甚至是政府直接投资创办的。这种企业集群不是以其内在机制和产业关联为基础，企业缺乏强烈的根植性。而企业集群化成长的根植性是一个地区产业集群的根本性优势。由于我省产业集群的市场化程度低，完善配套的网络体系尚未建立，随着政策优势和地理优势的逐步减弱，有的地方出现了部分企业外移现象，而一旦产业链中关键企业迁移，就有可能导致整个产业网络崩溃。

4、产业集群缺乏核心技术，产、学、研联合开发的互动机制尚未形成。一是我省产业集群内企业拥有的核心技术比较少，虽然部分企业拥有一些自主知识产权，但是就总体而言缺乏拥有自主知识产权的核心技术。二是产、学、研之间缺乏科技创新的分工与合作。我省产业集群技术创新活动呈现内部化趋势。大专院校重基础研究，研究单位重应用研究，企业重试验发展。产业集群内的研发主要集中在企业，而企业规模有限，研发投入十分不足。企业创新活动内部化的主要模式是试验发展，通过二次创新开发新产品和新工艺，很少与大专院校的基础研究和研究部门的应用研究结合起来进行较高阶段的技术创新合作。我省产业集群的创新是以企业为主体，以汽车和光电子信息产业集群为例，集群内的创新是以核心企业为主，而核心企业与其配套的中小企业之间很少开展创新的合作，从而导致创新资源整合不够，投入不足，创新速度慢，成本高。

5、产业集群成长缺乏完善的政策支撑体系和健全的社会化服务体系。缺少完善的市场机制环境，企业、政府和科研、中介等机构间的合作机制尚未建立，“条块分割”的制度影响了生产要素的自由流动，限制了产业群内企业间合作和专业化分工的发展；中介机构发展滞后，各类要素市场，如金融市场、产权市场、技术市场、人才市场等跟不上发展需要，集群内产品质量缺乏保证体系，社会保障发展滞后，缺乏足够的风险投资企业等，都制约了产业集群的发展。

6、品牌、诚信意识缺乏，短期化行为、无序竞争，严重损害了市场环境。我省产业集群内不少企业品牌、质量、诚信意识淡薄，假冒他人商标、以次充好、压价竞销、仿冒、偷工减料、欺瞒等行为已不是个别现象；企业间相互封锁、相互防范、相互拆台、恶性竞争、老死不相往来的状况，与企业集群所需要的诚信互助、合作共赢、信息共享、荣辱与共、友好竞争的发展文化格格不入。即使在光谷这样的高科技园区，支持产业健康发展的园区文化也还没有建立起来。